In nij wapen foar tuberkuloaze-diagnoaze en deteksje fan medisynresistinsje: in nije generaasje rjochte sekwinsje (tNGS) kombineare mei masinelearen foar diagnoaze fan tuberkuloaze-hypersensitiviteit
Literatuerrapport: CCa: in diagnostysk model basearre op tNGS en masinelearen, dat geskikt is foar minsken mei minder baktearjele tuberkuloaze en tuberkuloaze meningitis.
Titel fan it proefskrift: Tuberkuloaze-rjochte folgjende-generaasje sekwinsjearring en masinelearen: in ultra-gefoelige diagnostykstrategy foar pausifike pulmonale tubularen en tubulêre meningitis.
Periodyk: 《Clinica Chimica Acta》
AS: 6.5
Datum fan publikaasje: jannewaris 2024
Yn kombinaasje mei de Universiteit fan 'e Sineeske Akademy fan Wittenskippen en it Beijing Chest Hospital fan 'e Capital Medical University hat Macro & Micro-Test in tuberkuloaze-diagnoazemodel ûntwikkele basearre op 'e nije generaasje fan targeted sequencing (tNGS) technology en masinelearmetoade, dy't in ultrahege deteksjegefoelichheid levere foar tuberkuloaze mei in pear baktearjes en tuberkuloaze meningitis, in nije metoade foar hypersensitiviteitsdiagnoaze levere foar de klinyske diagnoaze fan twa soarten tuberkuloaze, en holpen hat mei de krekte diagnoaze, it opspoaren fan medisynresistinsje en de behanneling fan tuberkuloaze. Tagelyk is fûn dat it plasma-cfDNA fan 'e pasjint brûkt wurde kin as in geskikt stekproeftype foar klinyske sampling by de diagnoaze fan TBM.
Yn dizze stúdzje waarden 227 plasmamonsters en harsenfloeistofmonsters brûkt om twa klinyske kohorten fêst te stellen, wêryn't de laboratoariumdiagnostyske kohortmonsters brûkt waarden om it masinelearenmodel foar tuberkuloaze-diagnoaze fêst te stellen, en de klinyske diagnostyske kohortmonsters waarden brûkt om it fêststelde diagnostykmodel te ferifiearjen. Alle monsters waarden earst as doelwyt brûkt troch in spesjaal ûntworpen, rjochte fangeprobepool foar Mycobacterium tuberculosis. Dêrnei, basearre op TB-tNGS-sekwinsjegegevens, wurdt it beslútbeammodel brûkt om 5-fâldige krúsfalidaasje út te fieren op 'e trainings- en falidaasjesets fan' e laboratoariumdiagnostyske wachtrige, en wurde de diagnostykdrempels fan plasmamonsters en harsenfloeistofmonsters krigen. De krigen drompel wurdt yn twa testsets fan 'e klinyske diagnoazewachtrige brocht foar deteksje, en de diagnostykprestaasjes fan' e learling wurde evaluearre troch de ROC-kromme. Uteinlik waard it diagnoazemodel fan tuberkuloaze krigen.
Fig. 1 skematysk diagram fan ûndersyksûntwerp
Resultaten: Neffens de spesifike drompelwearden fan CSF DNA-monsters (AUC = 0.974) en plasma cfDNA-monsters (AUC = 0.908) bepaald yn dizze stúdzje, wie ûnder 227 samples de gefoelichheid fan 'e CSF-monster 97.01%, de spesifisiteit wie 95.65%, en de gefoelichheid en spesifisiteit fan 'e plasma-monster wiene 82.61% en 86.36%. Yn 'e analyze fan 44 pear samples fan plasma cfDNA en cerebrospinale floeistof DNA fan TBM-pasjinten, hat de diagnostyske strategy fan dizze stúdzje in hege konsistinsje fan 90.91% (40/44) yn plasma cfDNA en cerebrospinale floeistof DNA, en de gefoelichheid is 95.45% (42/44). By bern mei longtuberkuloaze is de diagnostyske strategy fan dizze stúdzje gefoeliger foar plasma-monsters as de Xpert-deteksjeresultaten fan maagsapmonsters fan deselde pasjinten (28.57% VS 15.38%).
Fig. 2 Analyseprestaasjes fan tuberkulose-diagnoazemodel foar populaasjesteekproeven
Fig. 3 Diagnostyske resultaten fan pearde samples
Konklúzje: Yn dizze stúdzje waard in hypersensitive diagnostyske metoade foar tuberkuloaze fêststeld, dy't in diagnostysk ark kin leverje mei de heechste deteksjegefoelichheid foar klinyske pasjinten mei oligobacillêre tuberkuloaze (negative kultuer). Deteksje fan hypersensitive tuberkuloaze basearre op plasma cfDNA kin in geskikt stekproeftype wêze foar de diagnoaze fan aktive tuberkuloaze en tuberkuleuze meningitis (plasma-samples binne makliker te sammeljen as harsenfloeistof foar pasjinten dy't fertocht wurde fan harsentuberkuloaze).
Orizjinele keppeling: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? fia%3Dihub
Koarte ynlieding fan Macro & Micro-Test tuberkuloaze-searje deteksjeprodukten
Mei it each op de yngewikkelde stekproefsituaasje fan tuberkuloazepasjinten en ferskate behoeften, leveret Macro & Micro-Test in folsleine set NGS-oplossingen foar floeiber meitsjen fan sputummonsters, Qualcomm-bibleteekbou en sekwinsjearring, en gegevensanalyse. De produkten omfetsje rappe diagnoaze fan tuberkuloazepasjinten, deteksje fan medisynresistinsje fan tuberkuloaze, typering fan mycobacterium tuberculosis en NTM, hypersensitiviteitsdiagnoaze fan baktearje-negative tuberkuloaze en tuberkuloazepasjinten, ensfh.
Seriële deteksjekits foar tuberkuloaze en mykobaktearjes:
| Artikelnûmer | produktnamme | ynhâld fan produkttests | foarbyldtype | tapaslik model |
| HWTS-3012 | Foarbyld frijlittingsmiddel | Brûkt yn 'e floeibermakkingsbehanneling fan sputummonsters, hat in earsteklasse rekordnûmer krigen, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm kwantiteitsdeteksjekit foar oergefoelige tuberkuloaze (probe-fangmetoade) | Net-invasive (floeibere biopsie) hypersensitiviteitsdeteksje foar baktearje-negative longtuberkuloaze en harsensnodules; De samples fan minsken dy't fertocht wurde fan ynfeksje mei tuberkuloaze of net-tuberkuloaze mykobaktearjes waarden analysearre troch djipgeande sekwinsjemetagenomika, en de deteksjeynformaasje oft tuberkuloaze- of net-tuberkuloaze mykobaktearjes ynfekteare wiene en de wichtichste ynformaasje oer earste-line medisynresistinsje fan mycobacterium tuberculosis waarden levere. | Perifeer bloed, alveolêre lavagefloeistof, hydrothorax en ascites, fokuspunksjemonster, harsenfloeistof. | Twadde generaasje |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium-typearring en medisynresistinsjedeteksjekit (multiplex-amplifikaasjesekwinsjemetoade) | Mycobacterium-typearringstest, ynklusyf MTBC en 187 NTM；It opspoaren fan medisynresistinsje fan Mycobacterium tuberculosis beslacht 13 medisinen en 16 kearnmutaasjeplakken fan medisynresistinsjegenen. | Sputum, alveolêre lavagefloeistof, hydrothorax en ascites, fokuspunksjemonster, harsenfloeistof. | Twadde/tredde generaasje dûbel platfoarm |
Hichtepunten: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium-typearring en medisynresistinsjedeteksjekit (multiplex-amplifikaasjemetoade)
Produkt yntroduksje
It produkt is basearre op 'e wichtichste earste- en twadde-line medisinen dy't beskreaun binne yn 'e WHO TB-behannelingsrjochtlinen, makroliden en aminoglykosiden dy't gewoanlik brûkt wurde yn 'e NTM-behannelingsrjochtlinen, en de medisynresistinsjeplakken dekke alle groepen fan medisynresistinsje-relatearre plakken yn 'e WHO Mycobacterium tuberculosis-kompleksmutaasjekatalogus, lykas oare rapportearre medisynresistinsjegenen en mutaasjeplakken neffens it ûndersyk en de statistiken fan heechskoarjende literatuer yn binnen- en bûtenlân.
Typearringsidentifikaasje is basearre op 'e NTM-stammen dy't gearfette binne yn 'e NTM-rjochtlinen publisearre troch it Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases en de konsensus fan saakkundigen. De ûntworpen typearringsprimers kinne mear as 190 NTM-soarten amplifisearje, sekwinsjearje en annotearje.
Troch rjochte multiplex PCR-amplifikaasjetechnology waarden de genotypinggenen en medisynresistinte genen fan Mycobacterium amplifisearre troch multiplex PCR, en de amplikonkombinaasje fan doelgenen dy't detektearre wurde moasten, waard krigen. De amplifisearre produkten kinne wurde konstruearre yn twadde-generaasje of tredde-generaasje hege-trochput sekwinsjebibleteken, en alle twadde-generaasje en tredde-generaasje sekwinsjeplatfoarms kinne ûnderwurpen wurde oan hege-djipte sekwinsje om de sekwinsje-ynformaasje fan doelgenen te krijen. Troch fergeliking mei de bekende mutaasjes befette yn 'e ynboude referinsjedatabase (ynklusyf de WHO Mycobacterium tuberculosis-kompleksmutaasjekatalogus en syn relaasje mei medisynresistinsje), waarden de mutaasjes relatearre oan medisynresistinsje of gefoelichheid foar anty-tuberkuloaze-medisinen bepaald. Yn kombinaasje mei de sels iepene sputummonsterbehannelingsoplossing fan Macro & Micro-Test waard it probleem fan lege nukleïnezuuramplifikaasje-effisjinsje fan klinyske sputummonsters (tsien kear heger as dy fan tradisjonele metoaden) oplost, sadat medisynresistinsjesekwinsjedeteksje direkt tapast wurde kin op klinyske sputummonsters.
Produktdeteksjeberik
34genen dy't relatearre binne oan medisynresistinsje fan18medisinen tsjin tuberkuloaze en6NTM-drugs waarden ûntdutsen, dy't dekken297medisynresistinsjeplakken; Tsien soarten Mycobacterium tuberculosis en mear as190soarten NTM waarden ûntdutsen.
Tabel 1: Ynformaasje fan 18+6 medisinen +190+NTM
Produktfoardiel
Sterke klinyske oanpassingsfermogen: de sputummonsters kinne direkt wurde ûntdutsen mei sels-floeibere agint sûnder kultuer.
De eksperimintele operaasje is ienfâldich: de earste ronde fan amplifikaasjeoperaasje is ienfâldich, en de bibleteekkonstruksje is yn 3 oeren foltôge, wat de wurkeffisjinsje ferbetteret.
Wiidweidige typering en medisynresistinsje: it behanneljen fan 'e typering- en medisynresistinsjeplakken fan MTB en NTM, dy't de wichtichste punten fan klinyske soarch binne, krekte typering en deteksje fan medisynresistinsje, stipe foar ûnôfhinklike analysesoftware, en it generearjen fan analyserapporten mei ien klik.
Kompatibiliteit: produktkompatibiliteit, oanpassing oan mainstream ILM- en MGI/ONT-platfoarms.
Produktspesifikaasje
| Produktkoade | produktnamme | Deteksjeplatfoarm | spesifikaasjes |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium-typearring en medisynresistinsjedeteksjekit (multiplex-amplifikaasjemetoade) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Pleatsingstiid: 23 jannewaris 2024