In nij wapen foar diagnoaze fan tuberkuloaze en opspoaring fan drugsresistinsje: in nije generaasje rjochte sekwinsje (tNGS) kombineare mei masine learen foar diagnoaze fan tuberkuloaze hypersensitiviteit
Literatuerrapport: CCa: in diagnostysk model basearre op tNGS en masine learen, dat geskikt is foar minsken mei minder bakteriële tuberkuloaze en tuberkuloaze meningitis.
Titel fan proefskrift: Tuberkulus-rjochte folgjende-generaasje sequencing en masine learen: in ultra-sensitive diagnostyske strategy foar paucific pulmonary tubulars and tubular meningitis.
Periodyk: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
Publikaasjedatum: jannewaris 2024
Yn kombinaasje mei de Universiteit fan Sineeske Akademy fan Wittenskippen en Peking Chest Hospital fan Capital Medical University, Makro & Micro-Test fêstige in tuberkuloaze diagnoaze model basearre op de nije generaasje fan doelgerichte sequencing (tNGS) technology en masine learen metoade, dy't levere ultra-heech detection gefoelichheid foar tuberkuloaze mei pear baktearjes en tuberkuloaze meningitis, levere in nije hypersensitiviteit diagnoaze metoade foar de klinyske diagnoaze fan twa soarten fan tuberkuloaze, en holp de krekte diagnoaze, drug ferset detection en behanneling fan tuberkuloaze.Tagelyk wurdt fûn dat it plasma-cfDNA fan 'e pasjint kin wurde brûkt as in gaadlik stekproeftype foar klinyske sampling by de diagnoaze fan TBM.
Yn dizze stúdzje waarden 227 plasmamonsters en cerebrospinale floeistofmonsters brûkt om twa klinyske kohorten te fêstigjen, wêryn de laboratoariumdiagnostyske kohortsamples waarden brûkt om it masinelearmodel fan tuberkuloazediagnoaze te fêstigjen, en de klinyske diagnostyske kohortmonsters waarden brûkt om de fêststelde te ferifiearjen. diagnostysk model.Alle samples waarden earst rjochte troch in spesjaal ûntwurpen doelgroep fangen sonde pool foar Mycobacterium tuberculosis.Dan, basearre op TB-tNGS-sekwinsjegegevens, wurdt it beslútbeammodel brûkt om 5-fâldige krúsvalidaasje út te fieren op 'e training- en falidaasjesets fan' e laboratoariumdiagnostyske wachtrige, en wurde de diagnostyske drompels fan plasmamonsters en cerebrospinale floeistofmonsters krigen.De krigen drompel wurdt brocht yn twa test sets fan klinyske diagnoaze wachtrige foar detectie, en de diagnostyske prestaasjes fan de learling wurdt evaluearre troch ROC kromme.Uteinlik waard it diagnoazemodel fan tuberkuloaze krigen.
figuer 1 skematyske diagram fan ûndersyk design
Resultaten: Neffens de spesifike drompels fan CSF DNA sample (AUC = 0.974) en plasma cfDNA sample (AUC = 0.908) bepaald yn dizze stúdzje, ûnder 227 samples, wie de gefoelichheid fan CSF sample 97.01%, de specificity wie 95.65%, en de gefoelichheid en spesifisiteit fan plasma sample wiene 82,61% en 86,36%.Yn 'e analyze fan 44-paarde samples fan plasma-cfDNA en cerebrospinale fluid-DNA fan TBM-pasjinten hat de diagnostyske strategy fan dizze stúdzje in hege konsistinsje fan 90.91% (40/44) yn plasma-cfDNA en cerebrospinal fluid DNA, en de gefoelichheid is 95.45% (42/44).By bern mei pulmonary tuberkuloaze is de diagnostyske strategy fan dizze stúdzje gefoeliger foar plasma-samples as de Xpert-deteksjeresultaten fan magesapmonsters fan deselde pasjinten (28.57% VS 15.38%).
Fig.. 2 Analyse prestaasjes fan tuberkuloaze diagnoaze model foar befolking samples
figuer 3 Diagnostic resultaten fan paired samples
Konklúzje: In hypersensitive diagnostyske metoade foar tuberkuloaze waard yn dizze stúdzje fêststeld, dy't in diagnostysk ark leverje kin mei de heechste deteksjesensitiviteit foar klinyske pasjinten mei oligobacillary tuberkuloaze (negative kultuer).Deteksje fan hypersensitive tuberkuloaze basearre op plasma cfDNA kin in gaadlik stekproeftype wêze foar de diagnoaze fan aktive tuberkuloaze en tuberkuloaze meningitis (plasmamonsters binne makliker te sammeljen dan cerebrospinale floeistof foar pasjinten dy't fertocht wurde fan harsentuberkuloaze).
Oarspronklike keppeling: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?fia%3Dihub
Koarte yntroduksje fan opspoaringsprodukten foar Macro & Micro-Test tuberkuloaze-searje
Mei it each op 'e yngewikkelde stekproefsituaasje fan tuberkuloazepasjinten en ferskate behoeften, biedt Macro & Micro-Test in folsleine set fan NGS-oplossingen foar liquefaction-ekstraksje út sputummonsters, Qualcomm-biblioteekbou en sequencing, en gegevensanalyse.De produkten omfetsje rappe diagnoaze fan tuberkuloazepasjinten, medisinenresistinsjedeteksje fan tuberkuloaze, typen fan mycobacterium tuberculosis en NTM, hypersensitiviteitsdiagnoaze fan baktearje-negative tuberkuloaze en tuberkuloaze minsken, ensfh.
Serial detection kits foar tuberkuloaze en mycobacteria:
| Artikelnr | Produkt Namme | produkt test ynhâld | sample type | jildich model |
| HWTS-3012 | Sample release agent | Brûkt yn 'e liquefaction behanneling fan sputummonsters, hat in earste klasse rekordnûmer krigen, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm kwantiteitdeteksjekit foar hypersensitive tuberkuloaze (metoade foar opname fan sonde) | Net-invasive (floeibere biopsie) hypersensitiviteitsdeteksje foar baktearje-negative pulmonary tuberkuloaze en harsensnodules;De samples fan minsken dy't fertocht wurde ynfekteare mei tuberkuloaze of net-tuberkuloaze mykobaktearjes waarden analysearre troch hege-djipte sequencing metagenomics, en de deteksjeynformaasje fan oft tuberkuloaze of net-tuberkuloaze mykobaktearjes binne ynfekteare en de wichtichste earste-line-medisynresistinsjeynformaasje fan mycobacterium tuberculosis waarden foarsjoen. | Perifeare bloed, alveolêre lavage fluid, hydrothorax en ascites, fokus puncture sample, cerebrospinal fluid. | Twadde generaasje |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium-typen en medisynresistinsjedeteksjekit (multipleks amplifikaasje-sekwinsjemetoade) | Mycobacterium typing test, ynklusyf MTBC en 187 NTM；Drugresistinsjedeteksje fan Mycobacterium tuberculosis beslacht 13 medisinen en 16 kearnmutaasjeplakken fan genen foar drugsresistinsje. | Sputum, alveolêre lavage floeistof, hydrothorax en ascites, fokus puncture sample, cerebrospinale floeistof. | Twadde / tredde generaasje dual platfoarm |
Hichtepunten: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium-typen en medisynresistinsjedeteksjekit (multiplex-amplifikaasjemetoade)
Produkt yntroduksje
It produkt is basearre op 'e wichtichste medisinen fan' e earste en twadde line beskreaun yn 'e WHO-rjochtlinen foar tbc-behanneling, makroliden en aminoglycosiden dy't gewoanlik brûkt wurde yn' e NTM-behannelingsrjochtlinen, en de drugsresistinsjesites dekke alle ien groep fan drugsresistinsje-relatearre siden yn 'e WHO Mycobacterium tuberculosis kompleks mutaasjekatalogus, lykas ek oare rapportearre genen foar medisynresistinsje en mutaasjeplakken neffens it ûndersyk en statistiken fan heechskoare literatuer yn binnen- en bûtenlân.
Typearring identifikaasje is basearre op de NTM-stammen gearfette yn 'e NTM-rjochtlinen publisearre troch Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases en de konsensus fan saakkundigen.De ûntworpen typprimers kinne mear dan 190 NTM-soarten fersterkje, folje en annotearje.
Troch rjochte multiplex PCR-amplifikaasjetechnology waarden de genotypende genen en medisyn-resistinte genen fan Mycobacterium fersterke troch multiplex PCR, en de ampliconkombinaasje fan doelgenen dy't te ûntdekken waarden krigen.De amplified produkten kinne wurde konstruearre yn twadde-generaasje as tredde-generaasje hege-throughput sequencing biblioteken, en alle twadde-generaasje en tredde-generaasje sequencing platfoarms kinne wurde ûnderwurpen oan hege-djipte sequencing te krijen de folchoarder ynformaasje fan doelgenen.Troch te fergelykjen mei de bekende mutaasjes befette yn 'e ynboude referinsjedatabank (ynklusyf de WHO Mycobacterium tuberculosis komplekse mutaasjekatalogus en har relaasje mei drugsresistinsje), waarden de mutaasjes yn ferbân mei drugsresistinsje of gefoelichheid fan anty-tuberkuloaze medisinen bepaald.Yn kombinaasje mei de sels-iepene oplossing fan sputummonsterbehanneling fan Macro & Micro-Test, waard it probleem fan lege nukleïnesûr-amplifikaasje-effisjinsje fan klinyske sputummonsters (tsien kear heger as dat fan tradisjonele metoaden) oplost, sadat it opspoaren fan drugsresistinsje sequencing kin wurde direkt tapast op klinyske sputummonsters.
Produktdeteksjeberik
34drug ferset-relatearre genen fan18anty-tuberkuloaze medisinen en6NTM drugs waarden ûntdutsen, covering297plakken foar ferset tsjin drugs;Tsien soarten Mycobacterium tuberculosis en mear as190soarten NTM waarden ûntdutsen.
tabel 1: Ynformaasje fan 18+6 Drugs +190+NTM
Produkt foardiel
Sterke klinyske oanpassingsfermogen: de sputummonsters kinne direkt wurde ûntdutsen mei self-liquefaction agent sûnder kultuer.
De eksperimintele operaasje is ienfâldich: de earste ronde fan amplification-operaasje is ienfâldich, en de biblioteekbou is foltôge yn 3 oeren, wat de wurkeffisjinsje ferbettert.
Wiidweidige typen- en medisynresistinsje: dekking fan 'e typen- en drugsresistinsjesites fan MTB en NTM, dy't de wichtichste punten binne fan klinyske soarch, krekte typen en opspoaren fan drugsresistinsje, stypjen fan ûnôfhinklike analysesoftware, en it generearjen fan analyserapporten mei ien klik.
Kompatibiliteit: produktkompatibiliteit, oanpasse oan mainstream ILM- en MGI / ONT-platfoarms.
Produkt spesifikaasje
| Produkt koade | Produkt Namme | Detection platfoarm | spesifikaasjes |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typearjen en medisynresistinsjedeteksjekit (multiplex amplifikaasjemetoade) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Post tiid: Jan-23-2024